طرح اولیه مسجد جامع بردستان به صورت مستطیل شکل و متشکل از یک مدخل کوچک، محراب، دو اتاق جانبی و شبستانی بزرگ (شبستان ورودی)، است که به گفته‌ی باستان‌شناسان، بنای نخستین به همت «عمر بن عبدالعزیز» ساخته شده است. البته کتیبه‌ای در داخل یکی از اتاق‌های مسجد نصب شده است که سال ۸۲۵ هجری را به‌عنوان زمان تعمیر و بازسازی آن عنوان کرده و احتمال ساخته شدن آن در دوران قرون اولیه‌ی اسلامی را قوت می‌بخشد.
طراح مسجد جامع بردستان، معماری مسجد را از بیرون به صورت پلانی چلیپایی (صلیبی شکل) طراحی کرده که متاسفانه در حال حاضر، سفیدکاری شده است. در قسمت بالای مسجد، بادگیری بزرگ قرار دارد که در ساخت آن از روش ساخت بادگیرهای جنوب کشور، استفاده شده است. این بادگیر باعث میشود تا هوای داخل شبستان خنک و مطبوع شود. شبستان در خلاف جهت قبله و حدودا به سمت شمال به جنوب و در مساحت تقریبی ۷۵۰ مترمربع ساخته شده است. بلندای مسجد از راس آن تا سطح زمین بالغ بر ۵ متر است و اینگونه به نظر می‌رسد که سازندگان مسجد را روی صخره‌ای طبیعی (تپه) احداث کرده‌اند. در حال حاضر ورودی مسجد از ضلع شرقی آن است که سه قوس ناهمگون دارد؛ به بیانی ساده‌تر این بخش مسجد از لحاظ طول، عرض و ارتفاع هیچ تناسبی با یکدیگر نداشته و باعث ایجاد ناهمگونی قابل توجهی شده است. داخل اتاق ورودی مسجد، می‌توان ردیفی از پلکان مارپیچ را مشاهده کرد که به پشت بام مسجد، محدود میشود. در بخش خارجی چلیپای سمت جنوب و برخی دیگر از بخش‌های مسجد، قوس‌ها به صورت متقارن و شبیه به یکدیگر ایجاد شده است.
سقف مسجد نیز به صورت گنبدهای خیز کم است و در قسمت داخلی آن می‌توان آثاری از تزئینات مقرنس‌کاری شده را مشاهده کرد که از مصالحی همچون لاشه سنگ تشکیل شده است. البته عمده مصالح استفاده شده در ساخت مسجد جامع بردستان، لاشه‌ی سنگ و قلوه سنگ‌های طبیعی مرجانی است که در منطقه وجود دارد و نیز از ملات گچ و نوعی ملات ساروج نیز در ساخت آن به‌کار برده شده است. روی دیوار ضلع جنوبی بخش ورودی مسجد می‌توان چهار طاقچه که به حالت چلیپایی است، مشاهده کرد. البته نباید از این نکته غافل شد که سازندگان مسجد جامع بردستان، در ساخت آن از تزئینات زیادی استفاده نکرده‌اند و بیشتر سادگی را به تجملات و تزئینات چشم‌گیر، ترجیح داده‌اند. اما در بخش‌هایی از مسجد همچون گرداگرد دیوارهای شبستان داخلی می‌توان نوار تزئینی گچبری را مشاهده کرد که در شروع قوس‌ها پوشیده شده است. از نکات جالب و قابل توجه در مورد مسجد جامع بردستان، وجود یک مقبره در فضای ورودی مسجد است که وری بدنه‌ی آن کتیبه‌ای وجود دارد که در دو سطر مضمون آیت‌الکرسی نقش بسته است. در شبستان مسجد، ۱۲ ستون به صورت دو ردیف ستون‌های شش تایی قرار دارد که با اجرای قوس‌هایی در بین آن‌ها، سقف را روی ستون‌ها قرار داده‌اند، به صورتی که هفت دهلیز در سقف ایجاد شده است. محراب نیز همانند بسیاری از بخش‌های مسجد به‌صورت ساده و درست در مرکز بدنه‌ی غربی مسجد ساخته شده و در بخش داخلی قوس آن مقرنس اری شده است.
